A endoscopia proporciona ao médico olhar dentro do esôfago, estômago e duodeno. Esse procedimento pode ser usado para descobrir a razão da dificuldade para engolir, náusea, vômito, refluxo, sangramento, indigestão e dor abdominal ou no peito.

Para o procedimento a pessoa deve engolir um tubo flexível, fino e iluminado chamado endoscópio. Pouco antes da endoscopia o médico aplicará spray na garganta do paciente com um agente anestésico que ajuda a prevenir náusea. O paciente também pode receber remédios contra a dor e sedativo para ajudar a relaxar durante o exame. O endoscópio transmite imagens de dentro do esôfago, estômago e duodeno, de forma que o médico pode examinar cuidadosamente o revestimento desses órgãos. 

Também é soprado ar para o estômago, o que expande as camadas de tecido e torna mais fácil para o médico examinar esse órgão. Através do endoscópio, o médico pode ver anormalidades, com inflamação e sangramento, que não apareceriam no raio-x. O médico também pode inserir instrumentos no endoscópio para tratar anormalidades de sangramento ou remover tecidos (biópsia) para testes posteriores.

Possíveis complicações da endoscopia incluem sangramento e perfuração do revestimento do estômago. Porém, tais complicações são raras. A maioria das pessoas não terá nada mais dos que a garganta dolorida depois da endoscopia, a qual leva de 20 a 30 minutos. Uma vez que a pessoa é sedada, precisa descansar no local onde é realizada a endoscopia de 1 a 2 horas até que a medicação perca efeito.

Para a endoscopia, o estômago e duodeno devem estar limpos, de modo que a pessoa não deve comer ou beber nada por pelo menos 6 horas antes do procedimento. Ainda, a pessoa que passar pela endoscopia deve arrumar alguém para levá-la para casa uma vez que não poderá dirigir devido aos sedativos. O médico pode dar outras instruções especiais ao paciente que for fazer endoscopia.